Роден е в Плес, Горна Силезия, но след ранната смърт на баща си през 1876 г. прекарва детството си в Бреслау, където посещава Матиасовата гимназия, а през 1886 г. започва да се обучава при декоративния художник Георг Хайнце. По-късно продължава образованието си в Училището за изкуства и занаяти в Бреслау и е обучаван от учители като Хайнрих Ирман, Паул Шобелт и Албрехт Брьоер.
През 1894 г. Мюнцер започва обучението си в Академията за изящни изкуства в Мюнхен, където му преподават известни художници като Карл Рауп и Ото Зайц. По време на военната си служба се присъединява към класа по живопис на Паул Хьокер, който се занимава интензивно с живопис на открито. През 1896 г. Мюнцер дори получава собствено майсторско ателие.
През 1898 г. той е един от двамата победители в първия конкурс на Лудвиг Щолверк за проекти на колекционерски картини на Щолверк с парична награда от 1000 марки. От 1899 г. Мюнцер излага свои творби в мюнхенския Гласпаласт като член на групата художници Шоле. Това довежда и до сътрудничеството му с мюнхенския седмичник „Jugend“ и сатиричното списание „Simplicissimus“.
По време на престоя си в Париж през 1900-1902 г. той затвърждава творческото си развитие. През 1903 г. се запознава с Мария Тереза Дрисен, родена фон Вестенхоф, за която се жени година след грандиозен скандал. Този скандал довежда до развода на г-жа Дрийсен и съпруга ѝ.
През 1909 г. Мюнцер става ръководител на класа по живопис в Художествената академия в Дюселдорф, където преподава до 1932 г. По това време той създава стенописи и таванни картини за областната управа на Дюселдорф. По време на Първата световна война служи като военен художник на фронта през 1915 г., а през 1917 г. е доброволец, но не участва в боя.
През 1938 г. семейство Мюнцер се премества в Холцхаузен на Аммерзее. Творби на Мюнцер са излагани в различни реномирани музеи и колекции, сред които Нойе Пинакотека в Мюнхен, Музеят Валраф-Рихарц в Кьолн, Щадтическият музей на изкуствата в Дюселдорф и колекцията на Кунстферайн в Базел.
Между 1938 и 1944 г. Мюнцер участва активно в Големите германски художествени изложби, инициирани от националсоциалистите в Дома на германското изкуство в Мюнхен, и дори продава една творба на Адолф Хитлер. През 1950 г. той излага тридесет картини в Кооперацията на мюнхенските художници. През 1944 г. Мюнцер е включен в списъка на наградените от Министерството на народното просвещение и пропагандата на Райха.
Повествователният стил на Мюнцер се проявява в графиките му, особено в илюстрациите му на приказки за издателство Scholz в Майнц. Той също така е член на Deutscher Künstlerbund.
